Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 180°C, στον αέρα.
Ζεσταίνουμε μια κατσαρόλα σε μέτρια φωτιά, ρίχνουμε λίγο ελαιόλαδο, το κρεμμύδι, το σκόρδο και σοτάρουμε μέχρι να μαλακώσουν.
Στη συνέχεια, ρίχνουμε τον πελτέ ντομάτας και σοτάρουμε για ακόμη 1 λεπτό. Προσθέτουμε το χυμό ντομάτας, τη ρίγανη, το βασιλικό, αλάτι και πιπέρι και μαγειρεύουμε μέχρι να δέσει η σάλτσα.
Σε ένα μεγάλο, βαθύ τηγάνι που έχουμε ζεστάνει σε μέτρια φωτιά, προσθέτουμε λίγο ελαιόλαδο, το σπανάκι , λίγο αλάτι και σοτάρουμε, μέχρι να μαραθεί το σπανάκι.
Μεταφέρουμε το σπανάκι σε ένα σουρωτήρι και το πιέζουμε καλά με ένα κουτάλι, ώστε να βγάλει όλα τα υγρά του.
Λιώνουμε το βούτυρο σε κατσαρόλα που έχουμε τοποθετήσει σε μέτρια φωτιά και έπειτα προσθέτουμε το αλεύρι, ανακατεύοντας συνεχώς με ένα σύρμα χειρός, μέχρι να καβουρδιστεί.
Ρίχνουμε το γάλα σε δόσεις και ανακατεύουμε, μέχρι να ομογενοποιηθεί το μείγμα. Μαγειρεύουμε, μέχρι να δημιουργηθεί μια πηχτή και λεία μπεσαμέλ.
Αποσύρουμε την κατσαρόλα από τη φωτιά, προσθέτουμε τη φέτα, το μοσχοκάρυδο, το σπανάκι, αλάτι και πιπέρι και ανακατεύουμε καλά.
Μεταφέρουμε τη γέμιση σε μια σακούλα ζαχαροπλαστικής, γεμίζουμε τα κανελόνια και τα αφήνουμε στην άκρη.
Απλώνουμε λίγη από τη σάλτσα στον πάτο ενός ορθογώνιου πυρίμαχου σκεύους, στο οποίο να χωράνε όλα τα κανελόνια. Προσθέτουμε λίγο από τη γέμιση που περίσσεψε, ανακατεύουμε και απλώνουμε το μείγμα ομοιόμορφα στον πάτο του σκεύους.
Τοποθετούμε από πάνω τα κανελόνια, περιχύνουμε με την υπόλοιπη σάλτσα, την υπόλοιπη γέμιση και ψήνουμε για 20-25 λεπτά.
Αφαιρούμε τα κανελόνια από το φούρνο, τα αφήνουμε να κρυώσουν για 5 λεπτά και σερβίρουμε.