Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 180°C, στον αέρα.
Με ένα κοφτερό μαχαίρι χαράζουμε τα κρεμμύδια κατά μήκος, ώστε να αφαιρέσουμε εύκολα τα φύλλα τους.
Παράλληλα, τοποθετούμε μια βαθιά κατσαρόλα με νερό σε μέτρια προς δυνατή φωτιά, και αφού ζεσταθεί προσθέτουμε τα κρεμμύδια και τα ζεματάμε για 4-5 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν.
Aφαιρούμε με μια τρυπητή κουτάλα τα κρεμμύδια από το νερό, τα τοποθετούμε σε ένα πιάτο, τα αφήνουμε να κρυώσουν αρκετά και αφού κρυώσουν, χωρίζουμε τα κρεμμυδόφυλλα και τα αφήνουμε στην άκρη.
Παράλληλα, τοποθετούμε ένα μεγάλο τηγάνι σε μέτρια προς δυνατή φωτιά, το αφήνουμε να ζεσταθεί και αφού ζεσταθεί, προσθέτουμε λίγο ελαιόλαδο, τη μελιτζάνα, το κολοκύθι, το καρότο, την πιπεριά Φλωρίνης και τα σοτάρουμε για 5-6 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν.
Ρίχνουμε τον πελτέ, ανακατεύουμε με μία ξύλινη κουτάλα και μετά από 1-2 λεπτά προσθέτουμε την τριμμένη ντομάτα, το ζωμό λαχανικών, κατεβάζουμε τη φωτιά σε μέτρια προς χαμηλή και σιγομαγειρεύουμε για 10-12 λεπτά.
Τα τελευταία 3-4 λεπτά προσθέτουμε το δυόσμο, το μαϊντανό, τον άνηθο, το μέλι, αλατοπιπερώνουμε κι ανακατεύουμε εκ νέου με την ξύλινη κουτάλα.
Αποσύρουμε από τη φωτιά, αφήνουμε 1-2 λεπτά να κρυώσει ελαφρώς, προσθέτουμε το ρύζι και ανακατεύουμε με ένα μεγάλο κουτάλι.
Παίρνουμε μια κουταλιά της σούπας από τη γέμιση, τη βάζουμε σε κάθε ένα φύλλο κρεμμυδιού και τα τυλίγουμε σε ρολό.
Τοποθετούμε τα γεμιστά κρεμμύδια δίπλα-δίπλα σε ένα πυρίμαχο σκεύος διαστάσεων 30Χ20 εκ., τα περιχύνουμε με το νερό και τα ραντίζουμε με τα 50 ml ελαιόλαδο και ψήνουμε στο φούρνο για 1 ώρα.
Μόλις ψηθούν, αφαιρούμε τα κρεμμύδια από το φούρνο, τα αφήνουμε να κρυώσουν για 10 λεπτά και σερβίρουμε.