Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 180°C στον αέρα.
Ξεπλένουμε τα κολοκυθάκια, τα κόβουμε με ένα μαχαίρι στη μέση κατά μήκος και χαράσσουμε τη σάρκα τους σταυρωτά, ώστε να δημιουργήσουμε σχήμα μικρών διαμαντιών.
Ραντίζουμε με ελαιόλαδο, αλατοπιπερώνουμε, τα τοποθετούμε σε ένα ταψί του φούρνου, στο οποίο έχουμε στρώσει λαδόκολλα και τα ψήνουμε για 15-20 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν.
Τα αποσύρουμε από το φούρνο, με ένα κουταλάκι αφαιρούμε την ψίχα τους, ώστε να δημιουργήσουμε φωλιές και τα αφήνουμε στην άκρη.
Τοποθετούμε μια κατσαρόλα σε μέτρια προς δυνατή φωτιά, την αφήνουμε να ζεσταθεί και ρίχνουμε το ελαιόλαδο, το κρεμμύδι και μαγειρεύουμε για 2 λεπτά.
Προσθέτουμε τον κιμά και τον σοτάρουμε, μέχρι να ασπρίσει.
Προσθέτουμε στην κατσαρόλα τον πελτέ και μαγειρεύουμε για άλλα 3-4 λεπτά.
Σβήνουμε με το κρασί αφήνοντας το αλκοόλ να εξατμιστεί τελείως, προσθέτουμε την κανέλα, τα φύλλα δάφνης, τη ντομάτα κονκασέ, κατεβάζουμε τη φωτιά σε μέτρια προς χαμηλή και σιγοβράζουμε για ακόμα 30 λεπτά.
Αλατοπιπερώνουμε, ανακατεύουμε με μία ξύλινη κουτάλα και τον αφήνουμε στην άκρη.
Τοποθετούμε μια κατσαρόλα σε μέτρια φωτιά, ρίχνουμε το βούτυρο και το αφήνουμε να λιώσει. Προσθέτουμε το αλεύρι, ανακατεύουμε με το σύρμα χειρός για 1 λεπτό, μέχρι να ψηθεί.
Ρίχνουμε σιγά-σιγά το γάλα ανακατεύοντας συνεχώς, ώστε να μην κάνει σβόλους.
Αποσύρουμε την κατσαρόλα από τη φωτιά, ρίχνουμε τους κρόκους, την γραβιέρα, το μοσχοκάρυδο, αλατοπιπερώνουμε και ανακατεύουμε καλά με το σύρμα χειρός, ώστε να δέσει η μπεσαμέλ.
Γεμίζουμε την επιφάνεια κάθε κολοκυθιού με κιμά, καλύπτουμε με λίγο από τη μπεσαμέλ, πασπαλίζουμε με έξτρα τριμμένη γραβιέρα και ψήνουμε στους 200°C στον αέρα για 15-20 λεπτά, μέχρι να γκραντιναριστεί η μπεσαμέλ.
Αποσύρουμε από τη φωτιά και σερβίρουμε τα παπουτσάκια ζεστά.